これほんとレアケースというか修正した内容がバグっていただけともいえるものではありますが。
私が使っていたのはEMLauncherなのですが、それに限らず配信用のシステムやスクリプトなんかでやっているときは見落としてしまう内容かもしれないので、ここに残していきます。
で、EMLauncherを用いてiOS用のアプリをOTA配信していたところ、iOS9の端末ではダウンロードまではできているようだがインストールできなくて失敗する、という現象が出ていました。
原因としては、iOS8のときに自分で入れた修正がiOS9ではエラーの原因となっていたよう。
iOS8のときはEMLauncherで生成されるplistのbundle-identifierに「.ios8fix」をつけないとインストールされなかったわけで、そのように補正していました。
その修正の対象を「iOS8以上」としてしまっていたために、iOS9でも同じように補正されており、iOS9では逆にそれがついていると同じbundle-identifierと認識されていないみたいな感じの模様。
なので、「.ios8fix」補正をiOS8に限定したら、iOS9でもインストールできるように。余計なことをしなくなったら上手く動いた、ということですね。
あとiOS9.2の端末では、修正前(.ios8fixがついている状態)でもインストールできたので、Apple側で何かしら対応してくれているのかもしれません。
分かってみたら簡単な話でつらい。。